Семен Семенович Панченко призван в Красную Армию в феврале 1940 года в особый Прибалтийский военный округ солдатом 54-го отдельного батальона связи.
С началом войны пришлось отступать через всю Прибалтику. В городе Таллинне погрузились на военные и гражданские суда и в конце августа 1941 года эвакуировались в Ленинград.
Караван кораблей с морскими пехотинцами в сопровождении траль-щиков, катеров-охотников вышел в открытое море Финского залива и подвергся атаке одновременно немецкими самолетами с неба и подводными лодками с моря. Кроме этого выход из Таллиннской бухты был заминирован. Пришлось пробиваться и бороться с расставленными минами противника. На глазах С.С. Панченко все горело и гудело, потонуло несколько наших кораблей с эвакуированной пехотой и снаряжением.
На корабле, в котором находились начальники отделов корпусов со своими отделениями, вышло из строя машинное отделение. Поэтому кораблю, в котором находился Семен Семенович, было приказано взять его на буксир. Это осложнило маневр и ход корабля. Буксирующий корабль становился уязвимой мишенью. Так и получилось. Прямое попадание торпеды. Взрывной волной Панченко сбрасывает в море. Ухватившись за буксирующий трос, он увидел, как его корабль затонул. Сняв с себя одежду, Семен Семенович продолжительное время держался на плаву, наглотавшись воды.
К сожалению, его никто не заметил. Караван оставшихся судов удалился, остался лишь дымок на горизонте. Казалось, что спасения нет и не будет. Солнце уже садилось. Наступали сумерки. И не было границ радости, когда С.С. Панченко увидел, что в направлении затонувших судов шли три малых катера для спасения оставшихся в живых солдат. Когда ему с борта катера подали канат, у него не было сил, чтобы держать канат.
Помог это сделать моряк с катера. Он взял Семена за кисть руки и вытянул на палубу со словами «Эх, пехота». Вот тут и понял Семен Семенович цену морской службы, бескозырки и судьбу моряка.
После пополнения полка С.С. Панченко пришлось воевать в Венгрии. Будучи старшим во взводе разведчиков, ему удалось успешно выполнить задание командования: Панченко взял в плен «языка» – морского офицера, который дал ценные сведения. За этот подвиг он получил орден Красной Звезды.
6 октября 1944 года С.С. Панченко получил тяжелое ранение, почти год лечился в госпитале. В августе 1945 года демобилизовался, работал в «Заготзерно» станицы Васюринской.